Isso pode muito bem ser um problema de mesclagem, detalhes aqui: link
Portanto, em geral, as seções de configuração mais específicas da linha Directory e Location location podem substituir a configuração no nível do Host Virtual, o que, por sua vez, pode substituir a configuração no nível global. Mas quando você chegar aos blocos mais específicos da configuração, como eles são tratados no link acima.
Estes níveis são chamados de contextos em termos do Apache e é uma boa idéia familiarizar-se com o significado do contexto neste contexto, er ... well ... context :-). Mais informações aqui: link
Conforme mencionado nos comentários, observe no contexto global%%%, Location blocos que podem corresponder ao seu caminho URI ou LocationMatch ou Directory que pode corresponder a DirectoryMatch ou qualquer coisa acima dele no diretório árvore.