Sugiro que você use map , já que auth_basic tem um valor especial de off para desativar a autenticação:
http {
[...]
map $arg_foo $auth_realm {
default off;
~bar "";
}
server {
[...]
location = /index.php {
auth_basic $auth_realm;
auth_basic_user_file myauth;
fastcgi_pass unix:/var/run/php-fpm.socket;
}
}
}
Observação: suspeito que o snippet de configuração que você forneceu não está funcionando, pois o prefixo URI da diretiva location não inicia com o caractere / obrigatório.