Acontece que houve um erro no quotacheck. Eu enviei um patch para consertá-lo, mas não tenho idéia de quando (ou mesmo se) uma nova versão da cota incluindo esse patch será publicada. Diretamente anexar arquivos à minha resposta não parece ser possível, então eu não vou postar o patch aqui. Mas se alguém estiver interessado, faça um comentário e postarei o patch como um bloco de código.
EDIT: Meu patch não foi aceito, porque estava fora de questão. O quotacheck já é capaz de funcionar corretamente na presença de montagens de bind quando compilado com a opção EXT2_DIRECT
e usado em sistemas de arquivos ext. Infelizmente um bug impediu que o trabalho em sistemas de arquivos ext4, que o autor já corrigiu (commit 2b3795805c8d1bd8873b046508777fa6e9a5c83d em git: //git.code.sf.net/p/linuxquota/code).