Como eu entendi sua pergunta,
1. You are using same dns server
2. You already have name-servers dns1.olddomain.com dns2.olddomain.com dns3.olddomain.com configured on your dns server.
3. You want to add new name-servers dns1.newdomain.com dns2.newdomain.com dns3.newdomain.com on the same DNS server where your old name-servers are configured.
4. IP address for new name-servers are different than used for previous ones.
5. You want to update all your running zone records to new SOA and NS records.
Se todas as coisas acima forem verdadeiras, você terá problemas se as pessoas que usam registros antigos de servidores de nomes não atualizarem os registros de registro. Existem sites ou aplicativos que serão desativados.
Se você alterar os registros de registro para novos registros de servidores de nomes depois de atualizá-los para sua zona, a propagação de DNS levará até 2 a 24 horas para se propagar em todo o mundo. (Haverá tempo de inatividade)
Se você alterar os registros de registro para novos registros de servidores de nomes antes de atualizá-los para sua zona e também até que a Zona não seja atualizada, eles não serão resolvidos para nenhum host. A propagação de DNS levará até 2 a 24 horas para se propagar em todo o mundo. Conforme você atualiza a zona, eles serão resolvidos de acordo (haverá tempo de inatividade)