Ok, consegui que funcionasse como deveria com essa configuração:
server {
listen 443 ssl;
server_name monit.domain.com;
index index.php;
root /usr/share/zabbix;
error_log /var/log/nginx/error.log notice;
ssl on;
# SSL stuff
location / {
root /usr/share/zabbix;
}
location /dashboard {
root /usr/share;
location ~ \.php$ {
include fastcgi_params;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_param PHP_VALUE "
#many parameters
";
#fastcgi_stuff .....
}
Então, no final, redefinir uma nova raiz e aninhar um segmento php para especificar que deve ser interpretado funciona.