Uma pergunta estúpida: você tem um link físico para /etc/apache2/conf-available/serve-cgi-bin.conf
no diretório /etc/apache2/conf-enabled
?
Editar: Para criar um link, o que você faz é, em um prompt de comando, mudar para o diretório /etc/apache2/conf-enabled
e digitar
ln /etc/apache2/conf-available/serve-cgi-bin.conf serve-cgi-bin.conf
Você pode ter que usar esse comando se não tiver permissões de criação de arquivo nesse diretório. Você terá que reiniciar o apache depois de criar esse link, é claro.