Uma correção Nginx teria sido legal, mas não tenho certeza se foi o uso apropriado do nginx. Eu não consegui descobrir, então para qualquer um que tropeça aqui está como resolvi isso em meteoros com o Iron-Router.
Meteor.startup(function () {
if (Meteor.isClient) {
var hostnameArray = document.location.hostname.split(".");
if (hostnameArray[0] === "www") {
Router.route("home", {template: "www-homepage"});
}
else {
Router.route("home", {template: "subdomain-homepage"});
}
}
}
Espero que isso seja útil para outra pessoa. Crédito para kevinpeter desta edição do GitHub