Eu tenho o mesmo problema. Resolvido executando a partir da linha de comando após o login:
$ setxkbmap -option "grp:caps_toggle,grp_led:scroll,compose:ralt" -layout es
(Neste exemplo eu configurei o layout para meu idioma natural es
)
Eu configurei este comando como um aplicativo inicial padrão quando o gnome é iniciado.
Espero que isso ajude.