Por que não usar o código que você já escreveu e adicionar uma linha que reconfigura todas as solicitações de outros subdomínios para um diretório que não existe (ou redirecioná-las para uma página que diz que o site a que eles tentaram ir não existe )?
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^sub\.domain\.com [NC]
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^sub2\.domain\.com [NC]
RewriteRule (.*) http://dev.domain.com/$1 [R=301,L]
Em seguida, você pode configurar um subdomínio dev.domain.com e fazer com que ele retorne uma página informando que o subdomínio solicitado não existe ou não está disponível ou algum outro texto que você deseja enviar de volta ao solicitante.