Considerando que você está usando um protocolo USB 2.0 lento, é essencial transferir o mínimo de dados possível.
O Rsync é seu melhor amigo aqui. No entanto, o NTFS não está lhe favorecendo. Usar algo como EXT4 permite que você use hardlinks para armazenar apenas os arquivos alterados. Dê uma olhada em rsnapshot para mais informações
Se você não puder alterar o seu sistema de arquivos, você também pode dar uma olhada no backup -tático , para ter um backup desduplicado sem recorrer a hardlinks.