Não há nada de errado com o código, o nome_do_servidor está definido corretamente pelo que eu vejo. Se você estiver acessando o endereço IP do servidor, ele não será exibido, pois o NGINX é (em sua configuração) configurado apenas para exibir o conteúdo de "jira.domain.com".
A propósito, você poderia elaborar um pouco? Como sobre o resto da configuração, se é compilado ou instalado por um instalador? Seu "nginx.conf" ou "default.conf"?