A sintaxe do seu arquivo rc.conf
está errada. É um arquivo fonte sh (1) . Quando você define a mesma variável pela segunda vez, ela substitui o valor anterior. Então, você precisa tornar todos os seus valores em uma lista separada por espaços .
Tente isto:
hostname="freebsd-t1"
sshd_enable="YES"
# Set dumpdev to "AUTO" to enable crash dumps, "NO" to disable
dumpdev="AUTO"
cloned_interfaces="lagg0 lagg1"
# Enable LACP aggregation -> team0
ifconfig_em2="-lro -tso up"
ifconfig_lagg0_name="team0"
ifconfig_team0="laggproto lacp laggport em2"
# Enable LACP aggregation -> team1
ifconfig_em0="-lro -tso up"
ifconfig_em1="-lro -tso up"
ifconfig_lagg1_name="team1"
ifconfig_team1="laggproto lacp laggport em0 laggport em1"