A partir dos sintomas, eu diria que é o tempo limite do nginx depois de esperar por um resultado de hhvm.
Quando isso acontece, o cliente recebe um erro, mas a execução do processo do php que a solicitação nunca para, você encontra os dados salvos no banco de dados.
Você pode obter mais verbosidade dos registros do php?
Outra coisa que eu lembro do worpress é que a parte administrativa é um pouco pesada no DB.
BTW, aqui há uma pergunta muito semelhante: