My.cnf Documentation é muito vago e não menciona o que variáveis podem ou não podem ser definidas pelo arquivo, mas meu problema especificamente é resolvido da maneira mais simples possível.
Você pode especificar diretamente no seu my.cnf a seguinte linha:
log_bin_trust_function_creators=ON
Eu testei da pior maneira possível (um problema de replicação me levou a reiniciar meu servidor), e estou feliz que funcionou.