Infelizmente, os blocos de construção de todos os serviços de nuvem são uma VM! É assim que Azure et al. faça seu dinheiro.
Se você despejar um arquivo no Azure, seja em um servidor ou diretamente para um blob, ele será simplesmente copiado. Isso causaria muito trabalho adicional para o MS se eles precisassem de um processo para lidar com falsos positivos, etc. Bem como o problema de percepção que eles estão fazendo qualquer tipo de varredura de arquivos conforme eles são enviados.
A única maneira que você tem de checar é girar uma máquina virtual e fazer com que ela escaneie os arquivos à medida que são entregues, ou talvez faça com que ela seja ativada por uma hora por dia e faça uma verificação.