Depois de olhar com mais clareza no pacote de fontes readline6 , mais especificamente no arquivo readline-common.postinst , descobri que o arquivo é copiado no configure o passo
if [ "" = "configure" ] && [ "" = "" ]; then
install_from_default /usr/share/readline/inputrc /etc/inputrc
fi
Eu realmente não entendo porque é copiado dessa forma e não com algum cp no arquivo de regras ou mesmo em um arquivo debian / readline-common.install.