Você poderia fazer:
for /f "delims=" %%f in ('appcmd list app ^| find "mySite"') do (
set appExists=%%f
)
echo %~n0: %appExists%
Mas você pode pular a configuração de uma variável de ambiente e adicionar um teste if e criar a remoção no loop for:
for /f "delims=" %%f in ('appcmd list app ^| find "mySite"') do (
rem appcmd whatever whatever remove %%f here
)
(e marque as opções for ( for /?
) para usar o delims=
e o tokens=
para obter a parte da linha que você precisa diretamente).