I even reboot the VM, but still, when it gets back, I'm able to log in as user through ssh.
Maçãs e laranjas. Você está editando o arquivo login , mas está realizando testes em relação a sshd . O daemon sshd chama a biblioteca PAM diretamente com um nome de serviço de sshd , assim o arquivo com nome idêntico é usado.
Caso você não saiba que o arquivo login mapeia para tentativas de autenticação por um comando real chamado login (que é invocado por seu getty), man login é o material de leitura recomendado .