Ambos os diretórios existem porque ambos são necessários para diferentes propósitos.
/usr/share/nginx/html é o local padrão compilado para a raiz de documentos de cada servidor, na ausência de um especificado.
/var/www/html é o local configurado para a raiz do documento do servidor padrão, conforme configurado em /etc/nginx/sites-available/default .
Por que usar /var/www/html ? Porque um sysadmin pode querer modificar a raiz do documento do vhost padrão, mas o Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos (que segue o Ubuntu porque segue o Debian, cuja política requer conformidade com o FHS) requer que o conteúdo modificável pelo usuário entre /var (ou /srv , ou /home - basicamente qualquer número de lugares que não são /usr ).