É muito provável que você tenha uma anotação no diretório de anotações padrão que tenha um formato incorreto e que o tomboy esteja bloqueando quando tentar processá-lo.
Por padrão, no Ubuntu, seu diretório de anotações tomboy está localizado em:
~/.local/share/tomboy
Como você já tem um backup de suas anotações, mova as anotações para um diretório temporário, como:
$ mkdir ~/.local/share/tomboy.store
$ mv ~/.local/share/tomboy/* ~/.local/share/tomboy.store/
Depois disso, você terá a verificação de que o tomboy está falhando porque está tendo um problema com uma nota mal formatada. Não deve falhar agora, mas deve abrir sem anotações.
Agora, mova a nota sistematicamente do diretório da loja para o diretório real. Quando você move a nota de problema, o tomboy começa a travar novamente. Quando você aprende a nota do problema, você pode eliminar essa nota e ter um tomboy funcionando.
Você pode copiar suas notas de volta 10 em um tomo (ou qualquer número) por:
$ mv 'ls ~/.local/share/tomboy.store/*note | head -10' ~/.local/share/tomboy/
Você pode ter que sair do tomboy e reiniciá-lo entre os blocos para ver se ele ainda falha, ou para ajudar a verificar onde está a nota do culpado.
Aliás, as notas de tomboy são identificadas pela extensão * .note.
Além disso, observe. Existe um bug no Tomboy em que ele será confundido com o timestamp da nota se você não sair do tomboy entre os movimentos (ou cópia de notas). Isso vai mudar o timestamp da nota para a hora atual, se você não sair. Quiting então trazer as novas notas preservará o timestamp correto.