pacotes R - Devo montar / usr / share / R / library

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Temos um pequeno cluster de máquinas linux (~ 15) com até 20 usuários. Nos últimos anos, escrevemos alguns scripts básicos de R para fazer análises estatísticas básicas. O problema que tive como administrador de sistemas novato é o gerenciamento de pacotes. Atualmente, se alguém escreve um novo script que requer um novo pacote, este pacote precisa ser instalado em todas as máquinas para todos os usuários. Isso parece uma estratégia de homem das cavernas (também fazemos isso para módulos python e perl). No momento, estou atualizando nossos sistemas operacionais de rhel5 para CentOS6 e faria as coisas corretamente.

Aqui estão meus pensamentos iniciais?

Em R na primeira máquina margay (que tem o CentOs6 em execução) %código% aponta para "/ usr / lib64 / R / library" "/ usr / share / R / biblioteca"

Eu estava planejando criar um .libPaths() padrão para todos os usuários, que contém a linha .Rprofile . Acho que isso, então, fará com que os pacotes de software padrão sejam instalados no diretório mencionado acima.

Atualmente, as permissões de gravação para .libPaths("/usr/share/R/library" ) são usr/share/R/library/ . A primeira questão seria se todos os usuários deveriam escrever para este diretório ou instalar pacotes R como usuário root?

Em máquinas subseqüentes que eu instalarei o CentOS6, eu estava pensando em usar o nfs para automount / usr / share / R / em todos os outros sistemas para apontar para margay: / usr / share / R /. Então eu atualizo o sistema operacional na máquina 2 ( drwxr-xr-x ) e instalei R. Como faço para automount / usr / share / R / em lynx para apontar para o diretório equivalente em lynx .

Isso parece uma solução sensata? Se eu instalar um novo pacote em margay , eu seria capaz de executar automaticamente quaisquer scripts R que usem esse pacote em outras máquinas? Quais são as armadilhas? São as mesmas versões de R necessárias em todas as máquinas

Devo montar / usr / share / R / library em todas as outras máquinas CentOS6 para apontar para / usr / share / R / library. Então, se eu instalar um novo pacote como root no margay todas as outras máquinas devem ver este novo pacote? Como faço isso se isso for sensato

    
por moadeep 27.07.2015 / 17:34

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