Este é um bug de aplicativo, não um problema com o Windows. Entre em contato com o fornecedor do software e informe-os que eles precisam manipular a mensagem WM_QUERYENDSESSION e / ou o sinal de controle CTRL_LOGOFF_EVENT e / ou os vários Mensagens da janela relacionadas ao WTS no loop de mensagens de seu aplicativo que precisam ser manipuladas.
Além disso, eles podem projetar o servidor de forma mais inteligente e desconectar automaticamente as contas que não enviaram algum tipo de "pulsação" em algum momento.
Os aplicativos que não lidam com essa mensagem e não implementam essas considerações de design básicas podem ser considerados "incompletos" e "não compatíveis com o Windows" e, essencialmente, não devemos tolerar esse tipo de lixo software no mercado.
Desculpe, tenho strongs sentimentos sobre o assunto.