Isso foi corrigido (pelo menos para mim), atualizando o Docky para a versão 2.2.1, que no momento em que escrevo esta resposta, estava em fase de teste (pode falhar de outras formas), então você tem que adicionar um PPA contendo.
Execute os seguintes comandos no console:
-
sudo add-apt-repository ppa:docky-core/ppa
-
sudo apt-get update && sudo apt-get --yes dist-upgrade