O problema era, na verdade, um problema do DNS. O file_get_contents()
estava circulando de forma bizarra por meio de nossos servidores de nomes de backup (ns3 & ns4) por algum motivo, enquanto os navegadores estavam roteando pelos servidores de nomes primários (ns1 & ns2). Ao contrário das primárias, os backups apontam para um servidor diferente, que ainda não possui arquivos idênticos - daí o 404 incomum.
Eu tinha configurado esses servidores de nomes de backup apenas algumas horas antes de mexer com o firewall, etc. e, quando eles se propagaram, parecia que os comandos ssh tinham tirado file_get_contents()
offline.