Eu não tenho a solução para o seu problema específico, mas desde que você menciona soluções alternativas ...
Quando eu tenho um problema como este, muitas vezes acho mais fácil apenas mesclar os discos manualmente e, se necessário, criar uma nova máquina virtual a partir dos discos. No assistente de edição de disco do gerenciador do Hyper-V, você pode selecionar o AVHD e terá a opção de mesclar no VHD pai.
Guia aqui: link
Isso não contornará seu problema com a remoção do instantâneo, pois a VM ainda achará que tem um instantâneo (e a VM ainda será apontada para os AVHDs). Essencialmente, você precisaria criar uma nova VM a partir dos discos mesclados manualmente.