configure http e mariadb para usar menos memória e processo. Os padrões nem sempre são bons, especialmente em uma instância compartilhada de 1G.
Seu innodb_buffer_pool_size indica que você não está usando innodb. Deveria ser mais se você é.
Você não deve definir o thread_stack - deixe-o como padrão.
Você aumentou max_allowed_packet por um motivo.
Eu suspeito que a maior parte do uso está no httpd. Execute com menos processos.