Na maioria dos sistemas, você estará bem abaixo da faixa de portas efêmeras. Eles são usados para conexões de saída, portanto, eles não devem causar um problema.
Você geralmente é livre para usar qualquer porta para qualquer finalidade. O uso de portas padrão facilita muito a localização de portas para um aplicativo ou a adivinhação de qual protocolo seria apropriado usar para se comunicar na porta. Geralmente, essa é a melhor opção, mas, em casos como o seu, pelo menos um aplicativo precisa ser movido.
Usar uma transformação simples, como você sugere, funciona bem. Outras transformações simples quando você tem uma variedade de portas como esta é adicionar um número como 1, 10, 100 ou 1000 ao número da porta. Números menores tendem a arriscar-se a atingir os portos próximos. 1 não funciona com aplicativos que usam portas consecutivas.
Uma opção que permite usar as portas existentes é adicionar um endereço IP adicional. Isso só funciona se você puder especificar o endereço IP ao qual o aplicativo se ligará. Se você precisar de uma entrada DNS para um ou ambos os aplicativos, considere usar um nome de serviço para um ou ambos os aplicativos.