Acredito que encontrei um script adequado e não complicado, capaz de fazer o que eu preciso.
for /F "tokens=1,2,3 delims=:" %%i in (fixacl.lst) do xcacls d:\share\%%i /T /g CONTOSO\%%i:R Administrators:F /Y
Isso deve levar uma lista de nomes de usuários (ou uma lista de diretórios, já que cada diretório tem um usuário associado e vice-versa, 1: 1) e sobrescrever as permissões, recursivamente com o domínio \ username: readonly e Administrator: full control. Como é baseado em uma lista, não preciso se preocupar com subdiretórios com nomes diferentes.
Em código psudo aproximado ...
For each line in the file fixacl.lst
Grab the name and set it to the variable %%i
then xcalcs on the directory of that name
With xcalcs options for recursive and replace
Read Only for that user
Full control for the administrator
and Yes to everything