Eu não sei quão "positivo" você quer ser que sua AMI esteja limpa, mas isso depende muito da sensibilidade e "estado de alerta" do aplicativo e sistema (s) de arquivo em execução na instância de origem. As capturas instantâneas do EBS não têm capacidade de desativar as E / Ss na instância, portanto, YMMV - é basicamente como se você tivesse puxado o plugue do seu servidor.
Pessoalmente, tenho feito isso com o EC2 e outras plataformas de IaaS inúmeras vezes, e as únicas cargas de trabalho que acabaram corrompidas são os bancos de dados relacionais. Alguns afirmam que ext4 é excessivamente sensível a isso, mas eu pessoalmente não testemunhei isso.
Na documentação de criação da AMI :
Amazon EC2 powers down the instance before creating the AMI to ensure that everything on the instance is stopped and in a consistent state during the creation process. If you're confident that your instance is in a consistent state appropriate for AMI creation, you can tell Amazon EC2 not to power down and reboot the instance. Some file systems, such as xfs, can freeze and unfreeze activity, making it safe to create the image without rebooting the instance.