Os encaminhadores no named.conf são separados dos encaminhadores definidos pelos comandos IPA. Os dois conjuntos de encaminhadores se aplicam simultaneamente. Você precisa remover os encaminhadores ou atualizá-los no named.conf.
Consulte Documentação do FreeIPA para obter explicações sobre o comportamento das políticas de encaminhadores.
Além disso, verifique se o seu /etc/resolv.conf
realmente especifica o endereço IP do servidor DNS IPA.