Existe um parâmetro adicional ("delete") que você pode adicionar ao comando "clear" para forçar o IIS a remover a seção, bem como a limpar o conteúdo dela;
C:\Windows\System32\inetsrv\appcmd.exe clear config "ParentSite/ChildSite" /delete:true /section:system.webServer/security/ipSecurity /commit:apphost
Eu testei isso no servidor 2012 R2 / IIS 8.5, mas ele também existe em versões pelo menos tão baixas quanto o servidor 2008 R2 IIS 7.5