Os projetos geralmente incluem um script bootstrap
que gera o ambiente autoconf do GNU necessário. Esses arquivos não são registrados no git, então você precisa executar o script para gerá-los você mesmo.
configure
e seus amigos necessários:
aclocal
libtoolize
autoconf
automake
Dependendo do programa, eles também podem precisar de várias opções passadas para eles. Entre em contato com o autor do programa se tiver problemas.