Temos problemas semelhantes no Cassandra 2.1.5.
Você pode tentar executar:
nodetool scrub system_auth
De acordo com o link , aumentar o valor de request_timeout_in_ms
em cassandra.yaml também pode ajudar ( eles planejam alterar o valor de tempo limite usado para nodetool repair
no Cassandra 2.1.6 e mais recente).