Com certeza pode ser alcançado com algo como
SetEnvIf Referer example\.com myreferer
CustomLog access.log combined env=!myreferer
CustomLog access.log "%h %l %u %t \"%r\" %>s %b \"http://www.example.com/\" \"%{User-agent}i\"" env=myreferer
A primeira linha define a variável de ambiente myreferer se o usuário estiver vindo de example.com. Quando definida, a terceira linha especifica o formato de log modificado, caso contrário, o formato de log padrão "combinado" é usado.
Eu ainda não recomendaria isso, pois isso causaria perda de informações. Se você tentar alcançar isso porque precisa que esses referenciadores sejam mostrados como um em algum tipo de ferramenta de análise de logs, você deve ter configurações para isso na própria ferramenta.