EDIT: Veja esta pergunta, que também discute um pouco disso: A VM do Hyper-V não inicializa o disco rígido SCSI
Eu verificaria a configuração da sua unidade no Hyper-V. Talvez, se houver mais de uma unidade, esteja tentando inicializar a errada. EDIT: No BISO, verifique a configuração do Hyper-V Guest para garantir que a unidade correta esteja selecionada como a unidade de inicialização.
Além disso, se as VMs do Hyper-V forem da versão 1, elas não suportam a inicialização a partir do SCSI, algo que o ESXi 5.x pode ter configurado para essas máquinas por padrão. Certifique-se de que sua unidade de inicialização esteja conectada como uma unidade IDE e veja o que acontece depois, ou atualize a VM para a versão de convidado 2, se puder.
Como outros comentadores, é difícil dizer sem outras informações, mas (pela minha experiência) esses parecem ser os problemas mais comuns de inicialização após uma transição. Boa sorte.