Parece que você precisa de um espelho de repositório local onde possa controlar as versões - talvez com diferentes ambientes para teste, produção, etc.
Idealmente, você teria um servidor com uma conexão à Internet e uma conexão de rede interna. Ele executaria um servidor da Web na rede interna, talvez com caminhos diferentes para diferentes ambientes:
http://192.168.1.10/staging/repo/
http://192.168.1.10/production/repo/
... et cetera.
Você poderia, então, gerenciar cuidadosamente as atualizações de pacotes, e todos os servidores na rede interna podem simplesmente fazer um yum update
para ficar em etapas. Usando ambientes no fantoche você poderia configurar automaticamente cada servidor para usar isso como se fosse apenas um repositório yum, e impedi-los de ir à internet em busca de mais pacotes (mesmo se eles tivessem uma conexão com a internet).
Isso funcionaria?