Você pode escrever um script para procurar novos subdiretórios, adicionando novos à sua configuração do rsyslog, que pode ser executada periodicamente através do cron.
Você provavelmente deseja adicionar novas diretivas de configuração a um novo arquivo em /etc/rsyslog.d/ para ajudar a reduzir o risco de algo dar errado e borking up sua configuração de syslog completamente. Talvez não para os fracos de coração embora. ;)
Caso contrário, não há uma boa opção para reconhecer automaticamente novos subdiretórios como você já encontrou. Algum tipo de intervenção manual será necessária.