Como mencionado nos comentários de Joe, você provavelmente está vendo o Windows movendo as pastas redirecionadas para um novo caminho quando o usuário faz o login. Também é possível, mas é menos provável, que um deles seja apenas um ponto de junção. que você copiou quando usou a GUI (!) para fazer isso. De qualquer forma, isso não deve causar o problema que você teme, mas provavelmente resultará em tempos de logon lentos para os usuários quando o Windows tentar mover todas as My Documents pastas no login.
Para referência futura, use o robocopy para esse tipo de coisa . Na verdade, é o que os utilitários da Microsoft, como o kit de ferramentas de migração do servidor de arquivos, usam em segundo plano.