Ok pessoal,
Eu acho que TheCleaner estava certo sobre os arquivos de log que não contêm dados. Agora recuperei todas as minhas caixas de correio e as exportei para arquivos pst sem truncá-las. Embora eu não tenho certeza se a exportação usou os arquivos de log para algo - ele pede o diretório de log.
Eu procurei na web por conversores edb para pst e encontrei vários, mas todos muito caros. EDBMails não funciona de jeito nenhum - não use tudo embora seja gratuito.
O que eu fiz foi baixar uma avaliação do Veeam Backup & Recuperação. Inclui o Veeam Explorer for Microsoft Exchange. Ele pode abrir arquivos edb e exportá-los para .pst - SEM comprar uma licença!
Depois de exportá-los, acabei de importar os arquivos pst para o novo servidor Exchange com o powershell.
Obrigado a todos pela ajuda.