Uma coisa que você pode fazer é remover a letra da unidade do disco rígido externo, em Gerenciamento de disco ou por meio de diskpart.exe, remova a letra da unidade e monte a partição em uma pasta NTFS vazia.
Coloque a pasta de montagem em algum lugar no fundo de sua estrutura de arquivos e ACLe-a, nomeie-a, para que um usuário normal não suspeite de nada.