O que você está perguntando:
how can I change the Active Directory of the Samba share (from A to B) without modify all the permissions in the filesystem of the samba share server?
Não é possível. O novo domínio do AD precisará ser mencionado. Você precisará substituir as permissões no servidor SAMBA existente com permissões para o novo domínio manualmente. Não há uma "migração" para as próprias ACLs nesse cenário. Você poderia potencialmente criar um script complexo ... algo que lê as permissões ACL para "DOMAIN_A \ user1" e o substitui por "DOMAIN_B \ user1", mas não é algo que podemos criar facilmente para você aqui e pode ser potencialmente um pesadelo sobre substituições manuais ACL. Este pode ser um bom momento para trabalhar na limpeza de ACLs também.