Eu acho que não é possível. Todo domínio precisa ter o arquivo .htaccess
específico, porque esse arquivo é configurações por pasta, portanto não há como especificar a subpasta. E mesmo isso é possível, então o usuário pode usar seu próprio arquivo .htaccess
para substituir as configurações.
Na hospedagem compartilhada é apenas uma solução. Uma conta de usuário por domínio.