A melhor maneira de fazer isso seria ignorar todo o trabalho de configuração do Apache e usar o AWS VPC para fazer a limitação. Você pode usar o grupo de segurança ELBs para limitar as solicitações recebidas apenas para esses IPs. Depois disso, configure o grupo de segurança de instâncias do EC2 para aceitar apenas conexões HTTP do ELB.
Isso lhe dá o que você está procurando sem o incômodo com a configuração do Apache e é mais fácil e rápido de gerenciar, caso você precise mudar alguma coisa.