Eu tive alguma sorte com uma solução alternativa que pensei em compartilhar. Em vez de deixar o LyX fazer backup dos arquivos no diretório de trabalho atual (a configuração padrão), criei um diretório de backup em ~/.lyx/
e alterei as configurações padrão do LyX (em Ferramentas > Preferências > Caminhos ) para salvar backups lá.
Meu laptop inevitavelmente congelou novamente e o arquivo .lyx
no qual eu estava trabalhando foi novamente destruído. No entanto, após a reinicialização, consegui restaurar o documento a partir do novo diretório de backup.
Certamente não é uma solução perfeita, mas não é uma correção temporária ruim e talvez ofereça uma pequena visão da questão maior de como os arquivos estão sendo corrompidos quando o sistema operacional congela.