Alguns de seus aplicativos que não funcionam corretamente podem ser gtk3. Para descobrir, corra:
ldd /usr/bin/app_name | grep gtk
Por exemplo, com gucharmap ,
$ ldd /usr/bin/gucharmap | grep gtk
libgtk-3.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgtk-3.so.0 (0x00007fcdee89a000)
$
Anote libgtk-3.0 na saída.
Além disso, verifique com whereis caso seu aplicativo esteja em outro lugar, como em sbin em vez de em bin .
O tema Clearlooks suporta apenas gtk2. (Olhe na sua pasta themes e você não verá uma subpasta gtk-3.0 na pasta do Clearlooks.)
Sugiro que você use um tema que suporte tanto o gtk2 quanto o gtk3.