No que diz respeito ao grande número de documentos, aconselho vivamente a utilizar um sistema de gestão de documentos completo na sua empresa. Esses sistemas dependem de um sistema de gerenciamento de banco de dados para armazenar documentos e metadados, eles podem exigir algum conhecimento avançado para instalar e gerenciar, mas o resultado final é digno do esforço.
No passado, trabalhei com o Liferay , que é totalmente baseado na web, contando com o Tomcat e Postgres. Ele não gerenciava o banco de dados corretamente (faltando chaves estrangeiras) e poderia entrar em um estado inconsistente. Isso foi há alguns anos, versões posteriores poderiam ser mais confiáveis.
Eu também trabalhei com Alfresco por um curto período de tempo, que é um pouco mais complexo, mas também mais confiável . É provavelmente a solução de código aberto mais completa do mercado.
Outras opções de código aberto são OpenKM , Nuxeo , OpenDocMan e Plone , nenhum dos quais eu já usei.
Dependendo da sua experiência no gerenciamento de sistemas de software, você pode se beneficiar do suporte profissional.