Bem, com discos dinâmicos, você basicamente juntou as unidades no que diz respeito ao Windows. Não há nenhuma maneira que eu saiba para "combinar" discos VMDK (pelo menos, para discos separados ... ESXi divide discos para instantâneos / discos independentes por conta própria) - apenas expande / compacta.
Eu imagino que foi assim por causa do limite de volume de 512 GB no VMFS3. O VMFS5 vai até 2 TB, então sua melhor aposta seria criar um novo volume, anexá-lo e depois copiar todos os dados. Se você estiver usando o DFS, esses metadados serão transferidos se você usar uma ferramenta como robocopy
para fazer a cópia.