existem muitas ferramentas que podem fazer isso, algumas podem imap e pop3, outras estão limitadas a pop3 ou imap.
por exemplo, dê uma olhada no getmail: link (no repositório padrão (o xubuntu 13.1 é getmail4)
outro é "offlineimap" que pode copiar e-mails de um servidor imap para um diretório local: link
espero que isso ajude!