Zoredache está certo sobre o dinheiro com seu comentário, que provavelmente deveria ter sido a resposta. O controlador RAID e o sistema de arquivos já alinharão as coisas de maneira que não causem problemas.
Ainda há espaço para ajustes de desempenho (tamanho da faixa RAID e tamanho do setor NTFS), mas fazer alterações lá não costuma ter um impacto perceptível no desempenho, a menos que sua área de cobertura de E / S esteja em um dos extremos ou pequenas operações de E / S (por exemplo, gravação de vídeo versus E / S de banco de dados).
No final, é sempre bom ficar com os padrões se você não tiver certeza, e faça alguns testes de E / S para ver se está satisfeito com os resultados.