Essa é uma pergunta muito antiga, então estou supondo que você tenha encontrado uma solução alternativa ou tenha desistido da tentativa, mas talvez ajude alguém.
Para que os comandos WMIC listados na pergunta que você está vendo funcionem, o certificado precisa estar no armazenamento "Computador local - > Pessoal", não no armazenamento "Computador local - > Área de trabalho remota" . Desde que você disse que colocou o certificado no armazenamento "Remote Desktop", o servidor não pode encontrá-lo quando você executa o comando WMIC.